荆州博物馆现有文物库房总面积达11410平方米（重要文物的库房面积3320平方米），均按质地和保存要求进行分类、分库保存，设置陶瓷器、铜器、漆木器、丝织品、金银器、玉器、书画等库房。个别库房各类型材质文物混合存放。其中丝织品库房温湿度由中央空调24小时分时段控制，但空调系统无净化过滤系统。在该项目实施以前，库房所使用的藏品架主要有木质开放式藏品架和木质储藏柜两种，绝大部分文物摆放在开放式藏品架上，大部分藏品裸露放置，未配置囊匣。

在2013年荆州博物馆申报了《荆州博物馆可移动文物保存环境调控监控解决方案》获得批准并拨付475万元，主要针对荆州博物馆的展厅和库房中珍贵文物建立荆州博物馆文物保存环境监测系统并进行少量环境调控示范。